মাগুরা জেলায় কোন মহিলা কলেজ না থাকায় তৎকালীন জেলা প্রশাসক জনাব মোঃ আব্দুল লতিফ মহোদয়ের উদ্যোগে এবং স্থানীয় গণ্যমান্য ব্যক্তিবর্গের সমন্বয়ে সাবেক মডেল হাই-স্কুলের পরিত্যাক্ত ভবনে মাগুরা সরকারি মহিলা কলেজ ১৯/০৪/১৯৮৭খ্রি. তারিখে প্রতিষ্ঠিত হয়। ১৯৮৭ সালের ৭ ডিসেম্বর তারিখে প্রকাশ্য নিলামে সভাপতি তৎকালীন জেলা প্রশাসক মহোদয় মাগুরা মহিলা কলেজের পক্ষে ১৩০০/- টাকায় ৪১ শতাংশ এবং একই তারিখে ২৩০০/- টাকায় ৮৩ শতাংশ জমি (যার বর্তমান দাগ নং যথাক্রমে ১২৩৫ এবং ১২৩৮) মাগুরা মডেল স্কুল থেকে ক্রয় করেন। ১৯৮৭-৮৮ শিক্ষাবর্ষে মানবিক ও বানিজ্য শাখায় ছাত্রী ভর্তি শুরু হয়। ১৯৯২-৯৩ শিক্ষাবর্ষে উচ্চ মাধ্যমিক পর্যায়ে বিজ্ঞান শাখা খোলা হয়। ১৯৯৪ সালে কলেজের উত্তর পাশের বেগম সুফিয়া কামাল ভবন, ২০০৩ সালে প্রশাসনিক ভবন এবং ২০০৫ সালে দক্ষিন পাশের বেগম রোকেয়া ভবন এর নির্মাণ কার্য সম্পন্ন হয়। ১৯৯৬ সালে তৎকালীন মাননীয় প্রধানমন্ত্রী জননেত্রী শেখ হাসিনা একযোগে জেলা সদরের ১৮টি মহিলা কলেজকে জাতীয়করনের ঘোষণা দেন এবং ১৩/০৪/১৯৯৭খ্রি. তারিখে মাগুরা সরকারি মহিলা কলেজ-এর জি.ও লেটার জারি করা হয়। ২০১৫-১৬ শিক্ষাবর্ষে কলেজটিতে স্নাতক(পাশ) কোর্স চালু হয়। বিজ্ঞান ও ব্যবসায় শিক্ষা বিভাগে স্নাতক(পাশ) কোর্স এবং বিভিন্ন বিষয়ে অনার্স কোর্স খোলার বিষয়টি প্রক্রিয়াধীন আছে। একাডেমিক ভবনের অভাবে অনার্স কোর্স অদ্যবধি চালু করা সম্ভব হয়নি।